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    再度给京师送来加急，不仅向朱由校汇报他登上大元岛之后的考察结果，还附上了大元岛的基本地形、可用停泊的海港位置图，言称已经将占据大元岛的日本人、还有利用大元岛往日本倒腾大明的丝绸、茶叶的大明流民、商人或赶走或收监；同时将迁徙过去的三万福建百姓也都安置好了，开春就可以垦荒，并将朝廷的垦荒最优厚的待遇：三年免赋税，五年赋税减半收取等，全部告知了迁徙过去的百姓。

南居益恳请朝廷敦促被派遣到大元岛的知府、知县尽快到岗，一是要治理移民，二是要对其他散布近半个岛屿的本地土著，是施行羁縻治理还是编户治理。

在历史上,荷兰人在天启四年占据澎湖列岛失败后，就转而占据了大元岛（台湾）的西南部,建了台湾城(荷人称热兰遮城)，然后又在赤坎地区建了赤坎城(荷人称普罗文查城)等城堡。使用武力镇压了当地的高山族人，烧毁村社,向当地的土著征收高额的粮赋。寄居在大元岛的日本人，前期依附荷兰人、后期依附西班牙人，大量扑杀麋鹿,贩运明朝的生丝、茶叶等回日本。

这时期居住在大元岛的高山族人,处于原始社会末期公有制向私有制转化时期,村社是他们的基本社会结构。是由住在同一区域的同一氏族或是多个家庭组成。实行土地公有，牲口、农具、住宅、生产物私有，由德高望重的长者担任村社的类似村长的职位。

南居益在去年得到朝廷派去的坚船利炮的援助,当年就将来犯福建、又逃到澎湖列岛的荷兰人一网打尽。随后其按着天子和朝廷的指示，登上了大元岛，并组织将福建贫瘠山区的百姓，分批陆续送上船、迁徙上岛。迁徙来的福建百姓打破了土著故有宁谧的生活，使得尚处于原始社会末期、对资本主义萌芽已经出现的大明朝廷、没有任何抵抗能力的高山族，瞬间就接受了成为大明皇帝子民的要求。

朱由校立即召开了小朝会，与重臣分析该怎么处理大元岛之事。一番激烈的讨论后，终于获得大部分尚书侍郎的认同，将大元定名为朝廷的新元省，在未来五年内逐步完成设置布政司、府、县等直接治理。

朱由校强烈地坚持在新元省试点吏员的新管理法子，即是把所有为朝廷办事的人员，都纳到吏部的官吏录用名单。